Unutrašnji organi su smješteni u tjelesnim šupljinama. U prsnoj šupljini nalaze se pluća i srce. U trbušnoj i zdjeličnoj šupljini nalaze se probavni kanal, jetra, slezena, mokraćni i spolni organi. Unutrašnji organi su prikazani na slici ispod.
Srce je šuplji mišićni organ koji se nalazi u grudnoj šupljini. Njegova uloga je da pumpa krv bogatu kisikom i hranjivim materijama kroz čitavo tijelo. Masa srca zavisi od vrste i uzrasta i kreće se od 0,4-0,8% ukupne tjelesne mase. Srčani mišić je najveći potrošač kiseonika u organizmu. Rad srca praćen je zvučnim pojavama koje se mogu čuti sa lijeve strane grudnog koša. Srce zajedno sa krvnim sudovima čini jedan zatvoreni transportni sistem. Krvne sudove prema građi i funkciji dijelimo na arterije, kapilare i vene. Puls je odraz rada srca i možemo ga odrediti pipanjem neke periferne arterije.
Pluća se nalaze u grudnoj šupljini i njihova uloga je da opskrbljuju krv kisikom, a uzimaju CO2 . Disanje je neprekidan proces, mora se stalno odvijati. Prije nego dođe do pluća, vazduh se u nosnoj šupljini zagrijava do temperature za oko 0,50 manje od tjelesne, a dlačiće na ulazu zadržavaju čestice prašine. Dijafragma je mišić koji razdvaja grudnu od trbušne šupljine, te ima ulogu u disanju.
Digestivni Sistem se sastoji od usne šupljine, ždrijela, jednjaka, želudca, tankih i debelih crijeva. U njemu se vrši probava hrane i upija u krv. Ovdje takođe ubrajamo i zube, jezik, pljuvačne žlijezde, jetru i gušteraču. Kod odraslih konja njegova ukupna dužina iznosi oko 30m, sa ukupnom zapreminom od oko 200l. Želudac konja je relativno mali u odnosu na njegovu veličinu, zapremi ne 8-15l. Zbog toga je važno konje hraniti češće sa manjim obrocima. Tanka crijeva čine 75% ukupne dužine digestivnog sistema. Enzimna razgradnja hranjivih materija je zastupljena u tankim crijevima, dok je u debelim mikorobna.
Jetra je smještena u trbušnoj šupljini uz dijafragmu. Jetra je „centralna laboratorija“ organizma (depo hranjivih materija, vitamina, uloga u prometu vode, depo krvi, proizvodnja žuči…).
Slezena se nalazi se u trbušnoj šupljini sa lijeve strane želuca. Predstavlja depo krvi i ima važnu ulogu kao organ imuniteta.
Bubrezi imaju ulogu u stvaranju mokraće. Na taj način odstranjuju iz organizma štetne materije, materije koju više nisu potrebne i koje su u višku, te regulišu volumen tečnosti u organizmu. Smješteni su u trbušnoj šupljini.
